موانع بسیاری بر سر راه تحقق وحدت مسلمین قرار دارد اما به طور كلی می توان آن ها را به دو گروه درونی و بیرونی تقسیم نمود: 
الف) موانع درونی كه عمدتا از درون جامعه اسلامی بر فرایند وحدت تاثیر گذارند و مهمترین آن ها عبارتند از: 
1. خودباختگی و عدم اعتماد به نفس به نحوی كه مسلمین امروزه، نقطه اصلی اتكای خود را گم كرده اند و ضمن مواجه شدن با پدیده ای به نام مدرنیسم، در دایره هستی احساس سرگردانی می كنند. 
2. ناسیونالیسم مدرن كه در آن مردم هر كشور، خود را برتر از همه می دانند و همه امکانات و منافع را برای خود می خواهند و به دیگر کشورهای اسلامی به دیدۀ رقیب می نگرند. اگرچه در گذشته نیز ملی گرایی وجود داشته است، اما مسلمانان دیروز علیرغم وابستگی به یک سرزمین یا کشور، خود را جزئی از پیکره عظیم امت اسلامی می دانستند، یعنی وطن دوستی تابع مسئله کلی تری به نام «امت اسلامی» بود. اما ناسیونالیسم جدید باعث بروز نزاع در میان کشورهای همسایه و در نتیجه فروش تسلیحات کارخانه های اسلحه سازی کشورهای قدرتمند می گردد. این نوع«ملی گرایی» ماهیت «اخوت اسلامی» را تضعیف می کند و به «امت اسلامی» آسیب می رساند. 


موانع بسیاری بر سر راه تحقق وحدت مسلمین قرار دارد اما به طور كلی می توان آن ها را به دو گروه درونی و بیرونی تقسیم نمود: 
الف) موانع درونی كه عمدتا از درون جامعه اسلامی بر فرایند وحدت تاثیر گذارند و مهمترین آن ها عبارتند از: 
1. خودباختگی و عدم اعتماد به نفس به نحوی كه مسلمین امروزه، نقطه اصلی اتكای خود را گم كرده اند و ضمن مواجه شدن با پدیده ای به نام مدرنیسم، در دایره هستی احساس سرگردانی می كنند. 
2. ناسیونالیسم مدرن كه در آن مردم هر كشور، خود را برتر از همه می دانند و همه امکانات و منافع را برای خود می خواهند و به دیگر کشورهای اسلامی به دیدۀ رقیب می نگرند. اگرچه در گذشته نیز ملی گرایی وجود داشته است، اما مسلمانان دیروز علیرغم وابستگی به یک سرزمین یا کشور، خود را جزئی از پیکره عظیم امت اسلامی می دانستند، یعنی وطن دوستی تابع مسئله کلی تری به نام «امت اسلامی» بود. اما ناسیونالیسم جدید باعث بروز نزاع در میان کشورهای همسایه و در نتیجه فروش تسلیحات کارخانه های اسلحه سازی کشورهای قدرتمند می گردد. این نوع«ملی گرایی» ماهیت «اخوت اسلامی» را تضعیف می کند و به «امت اسلامی» آسیب می رساند.به طور مثال ناسیونالیسم و ملی گرایی در حوزه خاورمیانه و کشورهای اسلامی باعث شده تا مثلا ملت اردنی، سوریه ای، عراقی و ... با یکدیگر در رقابتی سخت باشند و برای حفظ امنیت و حتی پرستیژ ملی خود، در پی انباشت سلاح و خرید این تسلیحات از قدرت های خارجی برآیند. یا به عنوان مثال عربستان و کشورهای عرب حوزه خلیج فارس به بزرگترین وارد کنندگان تسلیحات کارخانجات آمریکا تبدیل شوند. 
3. انحطاط فکری ، فرهنگی و علمی كه متاسفانه به خاطر آن، قشر عظیم و قابل توجهی از مسلمین، کم سواد یا بی سواد هستند و وضعیت علم و دانش در کشورهای اسلامی تأسف بار است. این عامل در كنار نا آگاهی مردم از عوامل حضور استعمار، باعث ظهور و بروز استبداد و هرج و مرج شده و زمینه هر چه بیشتر فاصله گرفتن كشورهای اسلامی را فراهم می نماید و اندیشه اتحاد اسلامی را به آرزویی محال تبدیل می كند. 
4. تعصب گرایی کور مذهبی که مسلمانان را از تلاش برای نزدیک ساختن دیدگاه های شان باز می دارد و آنان را از یکدیگر دورتر و دورتر می کند. البته باید میان تعصب لازم و صحیح با تعصب غیر صحیح فرق گذارد و گفت؛ گرچه اتحاد و همبستگی اسلامی در اندیشه مسلمانان باید از جایگاه والایی برخوردار باشد و برای ایجاد وحدت از هیچ تلاشی دریغ نشود، اما این باعث نمی شود تا با چشم پوشی از تمام حقایق عدول كرده و همه چیز را فدای وحدت نماییم. 
5. جهل و نا آگاهی مسلمانان از مذاهب یکدیگرنیز مشکل دیگری در راه وحدت است زیرا نه تنها مسلمانان نسبت به مذهب خود تعصب دارند بلکه به دنبال مطالعه سایر مذاهب هم نمی¬روند. چرا كه اگر پیروان فرق اسلامی از ماهیت سایر مذاهب، آن چنان که بنیانگذاران حقیقی آن ها بیان داشته اند، آگاهی کامل داشته باشند بدون تردید بسیاری از تعصبات و بدبینی ها برداشته می شود. 
6. غفلت از اولویت های جهان اسلام نیز از جمله مهمترین موانع وحدت به شمار می رود چرا كه اگر توجه مسلمانان به مسائل مهم دنیای اسلام نظیر مسأله فلسطین، افغانستان، لبنان و .... معطوف می بود و سعی همه بر این می شد که در پی حل این مشکلات و مقابله با دشمنان برآیند، وحدت اسلامی خودبخود در میان ملت ها جریان می یافت. همچنین این مسئله باعث می شود مذاهب اسلامی با نزاع بر سر مسائل كوچكتر، حاضر نشوند برای مسایل مهمتر با هم وفاق داشته باشند. از سوی دیگر دولت های اسلامی نیز همت و سعی خود را در استفاده از ظرفیت های موجود برای به تفاهم رسیدن مسلمانان به کار نمی گیرند. به عنوان مثال سازمان کنفرانس اسلامی و بانک توسعه اسلامی و مجامع مشابه می توانند در روند اتحاد و جوامع مسلمان نقش به سزائی داشته باشند. اما متأسفانه ، وابستگی کشورها به قدرت های غربی باعث شده است تا استفاده از ظرفیت ها به شكل نارسا و صوری باشد.
ب) اما می توان در كنار موانع درونی فوق، به سه عامل بیرونی نیز اشاره نمود كه عبارتند از: 
1. تفرقه افگنی استعمار در کشورهای اسلامی و کوشش برای تأمین منافع اقتصادی و سیاسی شان كه باعث دامن زدن به اختلافات مذهبی، فرقه ای و نژادی میان مسلمانان و از هم گسیختگی جوامع اسلامی شده و سعی می كنند به طرق مختلف و با ایجاد وابستگی فکری و اقتصادی و به کار گرفتن افراد وابسته در قسمت های حساس، زمینه جدایی کشورها و ملت های مسلمان را فراهم كنند. 
2. سلطه اقتصادی غرب نیز، دیگر عامل تفرقه و جدایی به شمار می رود.هر چند در گذشته مسلمانان بر مهمترین راه های تجاری جهان تسلط داشتند و راه های استراتژیک دنیا در کنترل مسلمانان بود اما اینک شاه راه های تجاری در دست قدرت های غربی است و تعریف تجارت و اقتصاد با گذشته متفاوت است به طوری كه اقتصاد امروز مبتنی بر اطلاعات و صنعت است و کشورهای بزرگ و توسعه یافته غربی با در دست داشتن شالوده های اقتصاد جهانی در دست خود، به هر نحوی که اراده کنند، برای کشورهای جهان سوم و به خصوص دنیای اسلام خط مشی اقتصادی، سیاسی و فرهنگی تعیین می كنند. بنابراین از یك سو، وابستگی اقتصادی دنیای اسلام به غرب آن قدر جهان اسلام را تضعیف ساخته که حتی سیاست و فرهنگ و دین را هم در این کشورها متأثر از وابستگی اقتصادی کرده است و از سوی دیگر «اتحاد اسلامی» هم خطری جدی برای دنیای غرب محسوب می شود لذا همواره اقتصاد، اهرمی برای شکل نگرفتن این اتحاد و مانع «وحدت» مسلمانان بوده است. 
3. آخرین عامل بیرونی، هجوم فرهنگی غرب بر جوامع اسلامی است لذا قدرت های بزرگ از راه تسلط بر شبکه های ارتباطی و رسانه های جمعی کوشش می کنند که عادات و آداب خود را در دیگر کشورها رواج داده و از این طریق فرهنگ های دیگر ملل را تضعیف نمایند. بنابراین به روشنی می توان دریافت که وقتی روح اسلام و فرهنگ اسلامی با رواج فرهنگ غرب از جامعه اسلام رخت بربندد، «اتحاد» که یکی از مظاهر فرهنگ اسلامی است، هرگز در کشورهای اسلامی و بین مسلمین محقق نخواهد گشت.